三味線のもともとのルーツは、中近東あたりの弦楽器がシルクロードを経由して中国に伝わったという説があります。中国では、11世紀以降に三本の糸からなる「三弦」があらわれ、琉球へともたらされました。
琉球つまり沖縄では、このタイプの楽器を「三線」、または蛇の皮を用いてつくられることから「蛇皮線」と呼び、爪弾きで演奏します。その後、16世紀の室町末期に琉球から堺港に伝わったこの楽器は、「三味線」と呼ばれるようになり、琵琶法師たちのアイディアによってさまざまな改良が加えられました。その一例として、より大きな音を出すことが可能な撥弾きの登場や、日本本土に蛇が少なかったことから、胴の部分に張られる蛇皮に代わって犬皮や猫皮が用いられるようになったことがあげられます。
「じょんがら節」で有名な津軽三味線もあいかわらずの人気ですが、沖縄の三線が21世紀に入ってから大ブームとなっています。